Robert Straka
Náš šikovný kolega, matematik Robert Straka , který pracuje na univerzitě v Krakově, mě potěšil svými maily o hackatlonu HACK4MED, který se v krakovské fakultní nemocnici nedávno konal a v němž i jeho tým získal bronzovou medaili. GRATULUJEME týmu Czech4Med!
Ve dnech 16-17.října 2021 se konal hackatlon ve fakultní nemocnici v Krakově. Celkem 83 účastníků z řad informatiků, matematiků a lékařů, kteří byli rozdělení do 24 týmů, mělo celkem 24 hodin na splnění alespoň jednoho ze tří úkolů. Většina týmů ovšem odevzdala řešení více.
Hlavní výzvou bylo naprogramovat aplikaci, která by dokázala předpovědět riziko těžkého průběhu onemocnění COVID-19 už během příjmu pacientů k hospitalizaci. Dva další úkoly se týkaly analýzy obrazových CT dat pacientů s COVID-19 – první spočíval v automatickém výpočtu rozsahu změn na plicích (konsolidace, GGO), druhý v odhadu hustoty a výpočtu objemu svalů vzpřimovačů trupu, kteréžto parametry mohou předpovídat charakter průběhu COVID-19.
K dispozici byly anonymizované záznamy pacientů, kteří se léčili právě v této nemocnici. Jednalo se o velmi obsáhlá data od anamnézy, přes biochemii po kompletní CT a echokardiografické vyšetření. K dispozici byla také speciální sada dat pro odhad rizika akutního renálního selhání (AKI). Od strany výpočetní byl zajištěn přístup k různým službám v cloudu. Po celou dobu konání hackatonu byli přítomní lékaři, se kterými bylo možné konzultovat data, výsledky a jejich validaci, a IT specialisté, kteří pomáhali, pokud někoho zlobil cloud.
Odborná komise pak na konci vyhlásila tři vítězné týmy v každé kategorii. Nutno přiznat, že posuzování se trochu protáhlo, hlavně díky tomu, že výsledky projektů předčily i ta nejsmělejší očekávání. Bylo velmi potěšující vidět, co se dá zvládnout během tak krátké doby a jak perfektní práci odvedli všichni ti, kdo se zúčastnili. Vítězný tým v hlavní kategorii daroval vyhranou částku (30 000 polských zlotých) dětské fakultní nemocnici.
Převládaly techniky strojového učení a aplikace neuronových sítí, vzniklo několik plně funkčních aplikací, které lze ihned použít, a to nejen pokud jde o výpočet rizika těžkého průběhu nebo úmrtí během onemocnění COVID-19, ale též při analýze CT dat. Příklad kalkulačky rizika renálního selhání, která byla oceněna specialní cenou, lze najít zde: https://hack4med.shinyapps.io/nefro/
Mezi účastníky hackatonu byl tým z Čech nazvaný Czech4Med, kterému se i přes ohromnou konkurenci podařilo získat 3. místo v kategorii analýzy obrazových dat CT plic (bohužel kalkulátory rizika COVID-19 a AKI nedosáhly na stupně vítězů). Autorkou algoritmu je doktorandka z katedry matematiky FJFI Kateřina Škardová a tímto bych jí rád pogratuloval a poděkoval i celému týmu Czech4Med za skvělých 24 hodin, které jsme mohli společně strávit nad prací pro dobrou věc (https://www.wnp.pl/tech/krakow-zwyciezcy-hackathonu-medycznego-oddali-nagrode-szpitalowi-dzieciecemu,499909.html). Těšíme se na další hackatlon, který organizátoři slíbili a na další výzvy a hlavně výsledky, které pomohou všem zdravotníkům při jejich péči o naše zdraví.
Na závěr snad jen jednoduchá otázka, nedalo by se něco podobného udělat i u nás? Myslím, že dat za posledních pár měsíců máme po nemocnicích dost, stejně tak máme dost šikovných matematiků, informatiků a lékařů, kteří se podobné akce s radostí zúčastní. Ztratit není co a získat můžeme velmi mnoho! Hack4Med v Krakově je toho nejlepším příkladem.