Ptá se: Zuzana Krátká, imunolog
Odpovídá: Robert Straka, matematik
Roberte, vy jste společně s Arnoštem Komárkem použili statistický model prof. Wooda na data z ÚZIS a vytvořili jste velmi zajímavý graf, na němž vidíme, jak „běžela epidemie“ z kraje do kraje. Prosím, jak jste ten model připravili a jak si s ním můžeme hrát?
Výkres znázorňuje průběh efektivního reprodukčního čísla (Rt,eff) vypočítaného na základě jednoduchého modelu SEIR a počtů fatálních infekcí (tedy těch končících úmrtím). Podrobný popis odhadu infekcí spolu s výpočtem je uveden zde a představuje aplikaci modelu Wooda na česká data. Model Wooda odhaduje počet infekcí, které skončily úmrtím. Tento model aplikujeme na počty úmrtí během hospitalizace, jenž jsou uvedené v datových řadách ÚZISu. V nich najdeme informace o datu počátku symptomů, odběru vzorků, začátku hospitalizace a úmrtí. Tato data jsou použity k odhadu distribuční funkce vyjadřující počet dní od infekce do úmrtí. Následně je (pro známý počet úmrtí v daném dni) zpětně odhadnut počet infekcí v předešlých dnech, které k těmto úmrtím vedly. Souhrnný odhad pro celou ČR je uveden zde . Výsledky pro jednotlivé kraje jsou odhadnuty stejným postupem. Můžeme sledovat dynamiku fatálních infekcí v jednotlivých krajích a zkoumat tak prostorové chování epidemie. Připomeňme si, že pokud Rt,eff epidemie je větší než jeden, růst infekcí zrychluje. V opačném případe epidemie vyhasíná. Jednotlivé kraje lze zapnout/vypnout kliknutím na daný kraj v legendě výkresu. Černé šipky znázorňují restrikce a rozvolnění a slouží pro porovnání jejich vlivu na dynamiku fatálních infekcí. Jde o odhady, tedy nelze tvrdit, že takto přesně to bylo, ale je možné je použít pro další výzkum, který buď potvrdí nebo vyvrátí naše výsledky. Diskuze ohledně interpretace a věrohodnosti modelu je ve vyčerpávající formě uvedena v publikaci prof Wooda (viz výše).
Roberte , moc děkuji za zajímavý model a čtenářům přeji příjemné hraní s ním. Pokud pro něj naleznete zajímavé uplatnění, neváhejte se nám ozvat.